ヤーヤ祭り は、もともと旧暦の正月（１月１日から８日）の８日間、神事と祭事が賑わう祭であったが、明治以後の新暦の採用など数度の改革を経て、現在は２月１日から５日の５日間に短縮されて執り行われている。

しかしながら、祭りの伝統の継続継承を重んじ、約３５０年程前（江戸時代の初期）に形成された神事と祭事を３日間短くなった現在でも、ほとんど変える事無く伝えているのがこの祭りの大きな特徴でもある。

祭りの形状は、旧尾鷲町である２０町から毎年３町が祷務町となり、その代表者を祷人と称し、汐撫（しおなで）・弓射（ゆみゆい）にあわせ薙刀振り、飾り弓持ちなど大名行列を仕える子役達全体を役人（やくど）といい、特に祷人・汐撫・弓射の３人を将党（しょうど）と呼び、この役人を従えて神事、祭事における奉仕の主役を務める。

２月１日 、午前零時の御扉開きで大神をお呼び出しして、いよいよ祭りが始まると午前１０時に祭りの歴史を報告する由緒祭、午後７時からは、太鼓・法螺貝の音と共に旧町内を練り歩く在廻りと続く。

２日から４日の３日間は、午後７時頃から各祷屋前でのヤーヤ行事（練りと禊祓）が執り行われる。

宵宮（よんみゃ）とも呼ばれ２０町の若者達（ヤーヤ衆と呼ばれる）が集団を組んで「チョウサ・チョウサ」の掛け声と共にぶつかり練り合う。この姿は、主祭神の武速須佐之男命の武神を称えるが如く、勇壮豪快であり、この祭りの祭事の一番の見物となる。

ちなみに 祭り期間中、各神事・祭事前に必ずといっていいほど、海中に飛び込み身体を清める禊祓を行うが、このことを垢離掻き（こりかき）と呼ぶ。各祷務町の役人等は毎夜、垢離掻きを執り行い諸事奉仕するのが古くからの習わしとなっている。

最終日の５日は、午前９時３０分に神社で例大祭を執行した後、各祷務町はひとまず町へ戻り、槍・鉄砲隊に囲まれた大名行列を組み、又、祷務町以外の町からは手踊りで町中に繰り出して宮上がりを行う。

この頃から神社が一段と賑わい、境内において宮上がりした順番に、祷務町は子役の子の薙刀振り、それ以外の町は手踊りなどをそれぞれ披露する。

祷務町を含む２０町が全て宮上がりした後、夕方５時頃から神事・祭事の見届け役である宮座・親方衆と盃を酌み交わして見守る中、将党・役人等は再び垢離掻きを行い、穢れをおとした身体で大弓の儀を奉仕する。

大弓の儀とは、各祷務町の弓射が１４メートル先の的に五穀豊穣・大漁満足を願い弓を放つ神事である。

垢離掻き後、宮座・親方衆を始め役人他、関係者が所定の座に着き、的の前で宮司が祈祷するといよいよ儀式が始まる。紀州・小笠原流からの流れをくみ、一立ち二矢ずつで七立ち、合計で一人１４矢ずつ射る。又、弓結い神事の的は、通常円を重ねて作成するが、当神社の的は正方形の中心に１円玉の大きさの点を描く珍しいのが特徴である。この点を星と呼び神事で星を射貫いた梼務町は、祓いと祝いの両方の意味で町を挙げて伊勢神宮に参拝する風習が伝えられている。